ב-1 ביולי 1973 נורה למוות בפתח ביתו ליד וושינגטון אלוף משנה ג'ו אלון, הנספח האווירי של ישראל בארצות הברית. המתנקשים מעולם לא נתפסו, תיק החקירה נסגר ונסיבות הרצח נותרו תעלומה כמעט ארבעה עשורים. מעל הפרשה ריחפו במשך השנים חשדות וסימני שאלה רבים: האם ג'ו אלון, הטייס המהולל, גיבור מבצע קדש ומלחמת ששת הימים וממעצבי דמותו של חיל האוויר הישראלי, נרצח בידי ארגון הטרור הפלסטיני "ספטמבר השחור"? האם היה זה חיסול חשבונות על רקע פלילי-אישי? ואולי אלון בכלל נלכד ברשת סבוכה של אינטרסים וריגול בינלאומי שהמוסד, הסי-איי-אי והקג"ב היו רק חלק משחקניה, ושילם על כך בחייו? פרד ברטון, סוכן מיוחד ללוחמה בטרור במשרד החוץ האמריקני שהתגורר בזמן הרצח בסמוך לג'ו, לרעייתו ולשלוש בנותיהם, נשבע לרדת לשורש האמת. בשנת 2007 הוא פתח מחדש את תיק החקירה, חיטט בערמות של מסמכים מסווגים, הפעיל את קשריו המודיעיניים ברחבי העולם והפך כל אבן במאמץ לפצח את חידת מותו של ג'ו אלון. המצוד אחר הרוצחים, שהניב גילויים חדשים, הוליך את ברטון מארצות הברית, דרך שמי צפון וייטנאם, עד לרחובות האפלים של מרכז ביירות והסמטאות האחוריות של פריז, לא פעם תוך סיכון וכנגד כוחות חזקים שהיו מעוניינים להשאיר את התיק קבור.

"מי רצח את ג'ו אלון?" הוא סיפור מתח עוצר נשימה על עוצמה צבאית ופוליטית, סוכנים וסוכנים כפולים, טרור וחיסולים, ומעל הכול - גיבור אחד, שניצב במרכזה של טרגדיה אישית ולאומית.