בנות סוררות חושף לראשונה את תופעת בריחתן של צעירות יהודיות ממשפחות אורתודוקסיות מבתיהן בקרקוב וסביבתה בסוף המאה התשע-עשרה וראשית המאה העשרים. במקרים קיצוניים, מאות מהצעירות הללו חיפשו מקלט במנזר בקרקוב והמירו שם את דתן לקתוליות, ובמקרים אחרים הן ביקשו לממש את זכותן להשכלה גבוהה, לרבות באוניברסיטה שזה מקרוב פתחה את שעריה לנשים. הספר מסתמך על שפע של תעודות ארכיוניות, ביניהן חקירות משטרה ובתי משפט, התכתבויות ותזכירים של משרדי ממשלה וכן מכתבים אישיים, דיווחים בעיתונות ויצירות ספרותיות, בין השאר הסיפור הנודע "תהלה" מאת ש"י עגנון. 

באמצעות כל אלה משוחזרים סיפוריהן של שלוש מן הצעירות הבורחות ונחשפים הרקע לבריחתן, המאבק של משפחותיהן בניסיון להחזירן לביתן והדיונים הסוערים שתופעת הנערות הבורחות עוררה בחברה היהודית על גוניה השונים. חלקו האחרון של הספר מתאר כיצד משבר הבנות המורדות הניע בהמשך את שרה שנירר, אשה צעירה מקרקוב, להקים בית ספר של אחר הצהריים לבנות, מוסד שהקנה לילדות חינוך דתי במסגרת פורמלית והתפתח בהמשך לרשת החינוכית בית יעקב.